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基因組測序 基因組重測序 微生物基因組重測序

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? ? ? ?微生物重測序能夠快速解析菌株之間的變異信息。利用高通量測序技術,對一個物種的全基因組進行測序,并與近緣參考基因組進行比對,開發海量的SNP,InDel等分子標記,系統全面的檢測菌株之間的基因變異信息。同時還可進一步進行物種進化、種群特征、選擇壓力等深入研究。

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適用范圍

? ? ??(1)有參考基因組的菌株或真菌;

? ? ? (2)選擇具有代表性的個體。

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技術優勢?

? ? ? (1)快速精準高效的解析基因組之間的差異,對全基因組的每一個堿基進行分析,獲得最廣泛的分子標記;遺傳變異類型豐富:單核苷酸多態性(SNP)、插入缺失(InDel)一網打盡,深度解析基因變異的各個方面;

? ? ??(2)快速高效:僅僅45個工作日即可完成全部分析內容,全方位加速微生物基因組快速發展;

? ? ? (3)精準分析:10年以上項目經驗的專業分析人員深入解析,精確解決科研過程中的各個問題。

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技術流程

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重測序建庫和測序流程




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微生物重測序分析流程

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分析內容

解決問題

核心軟件

原始數據過濾

過濾低質量的序列

FastqQC/NGS-QC

參考基因組比對

將測序reads比對到參考基因組

BWA/samtools

多態性檢測

研究菌株的地域傳播規律

Samtools/GATK/BreakDancer

變異基因功能注釋

統計變異基因分布規律

尋找變異豐富的功能分類

Gene Annotation?(In house)/Anovar/SnpEff

系統進化樹構建

探究不同菌株的進化關系

Mega/RaxML/PhyML

選擇壓力分析

了解微生物進化過程

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產品

測序平臺

測序策略

檢測內容

項目周期

細菌重測序

Illumina PE150

350bp文庫 100×

SNPInDelSV

45個工作日

真菌重測序

Illumina PE150

350bp 文庫 30×

SNPInDelSVCNV

45個工作日

案例一:蛭弧菌個體重測序

??????? 蛭弧菌(Bdellovibrio bacteriovorus)是一類能寄生于其它細菌,并能導致其裂解的革蘭氏陰性菌。蛭弧菌比一般的細菌個體小,能通過細菌濾器,有類似噬菌體的作用,是一類能“吃掉”細菌的細菌。文章對一株野生型和一株突變型蛭弧菌進行了全基因組重測序,該突變型蛭弧菌可以不依賴宿主繁殖與生存。與參考基因組比對后,兩株蛭弧菌分別獲得28,386和28,379個突變位點,它們之間的差異突變位點為19個,其中包括一個2bp的InDel引起了hit基因的移碼突變,該基因與蛭弧菌的宿主依賴性相關。

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兩株蛭弧菌的基因組圈圖

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案例二:裂殖酵母群體重測序

??????? 裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)是重要的真核模式生物,對100年來全球20個國家和地區收集的161個自然菌株的基因組進行了重測序,測序深度中值為76×。結果發現這些菌株有適中的遺傳多態性(π=3×10-3)和較弱的群體結構。同時發現裂殖酵母的起源可以追溯到約公元前340年,并且一些重要的起源時間節點和古代文明的發展密切相關。通過全基因組關聯分析揭示了基因型和表型變異之間的關系。

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全基因組關聯分析結果

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參考文獻

[1]Wurtzel O, Dori-Bachash M, Pietrokovski S, et al. Mutation detection with next-generation resequencing through a mediator genome[J]. PLoS One, 2010, 5(12): e15628.

[2] Jeffares D C, Rallis C, Rieux A, et al. The genomic and phenotypic diversity of Schizosaccharomyces pombe[J]. Nature Genetics, 2015, 47(3): 235-241.


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