美吉生物

基因表達調控 轉錄組 真核無參轉錄組

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       無參考基因組的真核生物轉錄組項目使用Illumina測序平臺,獲得測序原始數據后,首先進行質控拼接,并進一步對拼接所得轉錄本進行功能注釋、SNP、SSR標記開發等分析。在此基礎上,也可以進行多個樣本的差異基因表達分析和差異基因功能富集分析等,用于發現功能基因,為下一步研究提供方向。

適用范圍

  醫學領域:人體疾病經過不同用藥后產生的效果;患病和健康人體的致病機制;

  動物領域:動物疾病經過不同用藥后產生的效果,患病和健康動物的致病機制;

  農業領域:植物響應非生物和生物脅迫,植物不同性狀的分子機制。


美吉優勢     

 雙研究層面:既提供常規基因層次研究結果,同時分析轉錄本層次帶來的影響

全面差異分析:既提供基因表達差異分析,同時深層解析可變剪切事件差異情況

強大功能查詢:直接檢索已報道的基因或者通路,全方位注釋基因信息,實現快速分析

特色基因集:靈活創建基因集合,深度挖掘表達/功能變化,迅速鎖定研究目標 

實驗流程

生信分析

技術參數


樣本要求

動物: 1g

植物: 2g

真菌:菌絲或者菌體稱重(每管200mg),3管

全血: 2mL

細胞: 5×106cells

RNA要求

 2μg,50ng/μL

建庫測序

Illumina PE150測序

數據量

6G clean data

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美吉生物云

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論壇

案例一:二月蘭OvPAP2異位表達提高紅花油菜的產量

 

黃色油菜是一種重要的油料作物和傳統旅游資源,而呈現紫色花瓣的油菜可能具有具有一個或多個候選基因來改變油菜花的顏色;本研究基于前期建立的一對花瓣兒呈微紅色的甘藍型油菜,對不同花色的油菜和二月蘭進行從頭測序,并結合代謝組測序表明特定的花青素在紅色花瓣中大量積累,不同花色油菜的從頭測序為農作物病蟲害防治中的實際應用提供了參考。


研究思路




 


分析結果


 

 

 (1)超表達OvPAP2甘藍型油菜F1代表型(2)超表達OvPAP2G1300甘藍型油菜交叉傳粉F1代表型(310個花青素合成基因在不同甘藍型油菜花瓣或花藥中的表達(4)甘藍型油菜花瓣的主成分分析和潛在結構判別的正交投影分析


案例二:蝗蟲轉錄組從頭拼接和功能鑒定


    蝗蟲是一種重要的農業害蟲,主要以禾本科植物為食,對多種農作物造成經濟損失。本研究對雌性蝗蟲的幼蟲和成蟲進行從頭測序,將拼接獲得的轉錄本進行GO,COG和KEGG注釋分析,通過同源比對鑒定出一些與殺蟲劑抗性相關的基因;蝗蟲全面的從頭組裝測序為更好地研究殺蟲劑抗性、RNAi和轉錄組分子標記提供一系列有價值的分子資源。


實驗設計



 

實驗結果

 

1)幼蟲和成蟲間基因表達比較(2)蝗蟲基因直系同源簇功能分類(3GO注釋分析


參考文獻:

[1] FU, Wenqin, et al. Production of redflowered oilseed rape via the ectopic expression of O rychophragmus violaceus OvPAP2. Plant biotechnology journal, 2018, 16.2: 367-380.

[2] QIU, Zhongying, et al. De novo assembly and characterization of the transcriptome of grasshopper Shirakiacris shirakii. International journal of molecular sciences, 2016, 17.7: 1110.

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