美吉生物

蛋白質組學和代謝組學 定性蛋白質組學 Shotgun

Shotgun 生信分析 技術參數 案例解讀 常見問題 留言咨詢

     蛋白質全譜分析也可稱為Shotgun分析,指的是組分分析,研究對象是完整的組織、體液或其提取物,其目的在于鑒定出盡可能多的肽和蛋白質分子。并由此衍生出宏蛋白質組學,即研究與宏基因組或者宏轉錄組對應的復雜樣品中蛋白質的表達。


技術原理

      將溶液內蛋白質分子SDS-PAGE條帶中的復雜混合物酶解成肽段混合物,通過液相色譜分離,如2D-LC(陽離子柱SCXC18反相柱串聯)或1D-LCC18反相柱。串聯質譜檢測,最后利用相應的數據庫進行檢索匹配,可鑒定到成百上千種蛋白質。

      

技術流程

技術平臺

      Orbitrap Fusion Tribrid,Triple TOF 5600,Q-Exactive

技術優勢

      高通量,分離能力強;

      兼容性強,可分析蛋白質條帶、組織提取液、全細胞裂解液、亞細胞分離組分等;

      自動化程度高。

應用領域

      對某一生理狀態下組織、細胞或者細胞器中所有表達蛋白質進行鑒定;

      對一些環境樣本及腸道微生物等復雜樣品中的蛋白質進行鑒定。



生信分析

 



送樣要求

樣品類型

樣品要求(/組樣品)

備注

蛋白質溶液

蛋白質總量≥300μg

重復實驗則量翻倍,建議準備兩份樣品備用。

組織樣品

樣品總量≥0.1g

按照蛋白質組織提取效率(蛋白:組織=7%

細胞樣品

細胞數量≥107

胰酶消化,按細胞凍存標準離心收集細胞即可。

體液樣品

血清≥200μL,腦脊液≥200μL,尿液≥1mL ,淚液≥1mL.

 




案例:利用LC-MS/MS的方法繪制人類蛋白質組草圖

  研究者利用LC-MS-MS技術對人類60個組織,13個體液,以及147個腫瘤細胞系樣本的蛋白質進行了定性研究,大致鑒定到了18000個蛋白質。

                               

圖1 人類蛋白質組的整合策略


圖2 人類蛋白質組的整體分析

參考文獻

      Wilhelm, M., et al. (2014) Mass-spectrometry-based draft of the human proteome. Nature 509, 582-587



1、 目前可進行蛋白質組全譜分析的物種有哪些?

       只要物種的蛋白質組、基因組或轉錄組的數據庫數據足夠豐富,均可進行蛋白質組全譜分析。如果上述條件均不滿足,可在進行蛋白質組全譜分析的同時,做一個基因組或轉錄組測序,以便為蛋白質組全譜分析提供支持。因此,理論上,所有的物種均可進行蛋白質組全譜分析。


2、全譜分析一般能鑒定到多少種蛋白?

      這取決于分析樣品的復雜程度、數據庫完善度、蛋白含量和蛋白質組分離程度等。如植物來源的樣本中蛋白質種類和數量通常比動物來源的樣本多,動物組織樣本中蛋白質種類和數量比其血液樣本多。通常情況下,全譜分析可以鑒定到1000~3000種蛋白。

填寫資料 (電話、郵編和備注選填,其余均為必填項)

微信掃一掃

幸运农场 张峻扬 借钱等于赚钱 贪玩蓝月手游怎么赚钱吗 王思聪赚钱事例 熊猫tv签约主播怎么赚钱 闲来陕西麻将游戏规则 指数定投怎么赚钱 苹果试玩软件赚钱哪个 80彩票群 赚钱店铺名称 在家种平菇 赚不赚钱 包饺子菜和肉的比例赚钱 如何靠钓鱼卖鱼赚钱 麻将作弊器免费下载安装 淘淘乐分享赚怎么赚钱 发说说赚钱的软件 小型机沙厂赚钱吗