美吉生物

蛋白質組學和代謝組學 定量蛋白質組學 Label Free

Label Free 生信分析 技術參數 案例解讀 常見問題 留言咨詢

      非標記定量技術(Label Free)用來比較的樣品不經過任何標記,直接酶解后經過質譜分析產生數據。通過軟件對譜圖進行歸一化后,比較對應的質譜峰的強度,峰面積等一系列因素,來確定蛋白質在幾組樣本中的相對表達量變化。Label Free技術減少了前處理過程中的樣品損失,在肽段的檢測和蛋白質覆蓋率方面具有優勢;其采用單個樣品單獨分析,不受樣品來源和數目的限制;并且該技術方便與蛋白質絕對定量技術相結合,對生物體系中表達蛋白質絕對含量進行測定。

實驗流程


技術平臺   

       Triple TOF 5600, Q-Exactive, Orbitrap Fusion? Tribrid?
技術優勢

  蛋白質不需要進行標記,所需樣品總量少,耗費低

應用領域

  機理和調控機制研究 

  疾病標志物的篩選

  用藥及預后標志物篩選

  疾病的分子分型



生信分析

    

送樣要求

樣品類型

樣品要求(/組樣品)

備注

蛋白質溶液

蛋白質總量≥300μg

重復實驗則量翻倍,建議準備兩份樣品備用。

組織樣品

樣品總量≥0.1g

按照蛋白質組織提取效率(蛋白:組織=7%

細胞樣品

細胞數量≥107

胰酶消化,按細胞凍存標準離心收集細胞即可。

體液樣品

血清≥200μL,腦脊液≥200μL,尿液≥1mL ,淚液≥1mL.

 



案例:直腸癌蛋白質組學分型

          通過分析95例大腸蛋白質組,一共鑒定到 7526個蛋白質(FDR<2.64%)。基于鑒定到的蛋白質相對定量信息,將本來通過基因型分為3個型的95例樣品,更加細分為5個亞型,其中一個具有不良的預后,這樣更加有利于精準醫療的參考。

參考文獻:

      Zhang, B., et al. (2014) Proteogenomic characterization of human colon and rectal cancer. Nature 513, 382-387.


1、 Label Free原理是什么?

   無標簽標記的定量蛋白質組學研究,依賴于繁雜的信息分析完成定量過程,主要有兩種:信號強度和譜圖計數法。前者根據一級質譜相關的肽段峰強度(Mass spectral peak intensity)、峰面積(Peak area)、液相色譜保留時間(LC retention time)等信息進行定量分析;后者根據二級質譜相關的每個蛋白鑒定到的肽段總次數(Peptide hide或Spectral counts)、所鑒定肽段的離子價位(Ion counts of identified peptides)等信息進行定量分析。


2、 Label Free有哪些技術特點?

     對液相色譜串聯質譜的穩定性和重復性要求較高;無需昂貴的同位素標簽作內部標準,實驗耗費低;對樣本的操作也最少,從而使其最接近原始狀態,并且不受樣品條件的限制,克服了標記定量技術在對多個樣本進行定量方面的缺陷。


3、iTRAQ和Label Free各有哪些優缺點?

    iTRAQ

    優點:1. 不受樣品來源制約,幾乎可對各種樣品進行標記;2.通量高,可同時標記 2-8 個樣本;3.可信度高.標記試劑的報告離子的相對分子質量較低,質譜在低分子量區的定性和定量較為準確;4.可進行翻譯后修飾分析。

    缺點:1.iTRAQ幾乎可以與樣品中的所有蛋白質相結合,容易受到污染蛋白的影響;2.試劑昂貴,操作繁瑣。

     Lable Free

    優點:1.樣品需求量低;2.操作簡便,不受樣品的來源與通道數目的限制;3.單次實驗可鑒定和定量更多的蛋白質。

    缺點:1.在提取離子信號強度之前,需要對原始數據進行預處理,比較復雜;2. 準確性低,依賴質譜穩定性,在蛋白豐度差距較大時,無標的區分效率較好。

   




填寫資料 (電話、郵編和備注選填,其余均為必填項)

微信掃一掃

幸运农场 常来湖南棋牌官网下载 滑索赚钱吗 自己赚钱的经历 皇家88群 会议式培训公司赚钱 微信捕鱼达人怎么赚钱吗 帮网红点心赚钱 彩彩网安卓 超市里开一家游乐场怎么赚钱吗 k8彩票网址 点券代充怎么赚钱 17好友麻将安卓下载 梦幻西游bb装备打造赚钱吗 帝皇彩票群 全民k歌能有多赚钱 视频观看点赞赚钱